農產品檢測機制不完善。目前農產品的檢測需要依靠專門的檢測中心站，而較為發達的城市往往比縣城的檢測方式和要求更加專業。由于大部分農產品的生產地區都較為落后，甚至部分銷售主體都處于空白的情況。農產品的監測機制還沒有得到基本的完善，這會造成大量未經檢測的農產品流入市場，危害消費者的健康。
農產品加工過程的監督不到位。就當下狀況而言，還存在一種情況，即不少農產品在初步采摘時是符合國家食品安全標準的，然而在后續的流通和加工環節由于監督不到位，經過一系列的再加工生產過程殘留下了有害的化學物質。由于農產品不能長期保存且具有季節性的特點，后續的流通環節可能由于產品變質而會造成一定的風險。
負責檢測的技術達不到要求。當前情況下，由于大部分地區檢測儀器和設備并不齊全且已經老舊，所以有時需要借助第三方檢測平臺進行食品檢測，但由于目前第三方檢測機構在質量管理方面仍處于布局較為分散、體制不夠完善、隊伍素質參差不齊的階段，檢測周期較長。因此得到的檢測結果并不能代表市場上的真實情況。與此同時，每天大量流入市場的農產品并不能通過專業檢測進行每批次的篩選，從而也給消費者帶來了安全危機。
改善農產品安全質量檢測的方法
進行技術改進并且增強員工能力。確保監測機構數據的真實可信性的前提就是引進專業的儀器設備。例如，專門用來微生物監測的顯微鏡和無菌操作臺。根據農產品種類的不同，進行不同標準的檢測，確保檢測過程符合國家標準。負責檢測的人員則也需要在技術上進行加強，檢測機構定期組織學習，提升檢測人員的檢測技術。同時也需要組織一個較為核心的檢測團隊來作為檢測技術的中心力量，對其他團隊起指導的作用。
完善檢測體系。農產品的檢測需要專門的檢測體系，涉及農產、工商、食品等多個部門之間互相合作。由于農產品具有很強的流動性，因此要求各個部門切實落實自己的責任與義務。另外還要專門組建一支審查檢測結果是否符合標準的隊伍，用來將不合格的農產品生產者和經營機構交由司法機構進行處理；同時組建一支高效率的技術隊伍來進行輔助工作，來完善現代農產品的監督管理體系。
增加《農產品質量安全法》的宣傳。對于農產品的銷售市場而言，消費者和銷售者作為整個交易的主要部分，食品安全意識一定要深入公眾內心。對于一些發達國家而言，農產品的質量安全理念會從很多方面進行滲透，通過一些宣傳教育活動和預防性措施來達到從根源上杜絕不合格農產品流入市場的目的。首先應該從各個監管方面下手,其次，積極總結工作經驗并以風險提示為重要理念，增加對于消費者與經營機構交易權和知情權的保障。
通過以上的分析我們可以了解到我國農產品的安全監測過程目前所存在的問題，因此，需要我們針對各項問題進行分析解決。首先，增加質量檢測方面的經濟投入，利用先進的科研設備，得到最貼近實際的檢測結果。其次，完善農產品的質量安全檢測體系，便于我們更高效率地完成檢測。第三，定期對檢測人員集中培訓，加大宣傳教育力度，從而達到提高檢測技術和貫徹質量安全監督和保護理念的目的
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